La década de los 20´s fue de muchos cambios para el Ejército, ya que desde 1920 Venustiano Carranza quiso imponer como candidato a la Presidencia al civil Manuel Bonilla, ante esto el grupo de Sonora encabezado por Adolfo de la Huerta, Plutarco Elías Calles y Álvaro Obregón lanzaron el Plan de “Agua Prieta”. 

Los rebeldes tomaron la Ciudad de México y Carranza tuvo que huir rumbo a Veracruz, pero en el camino fue asesinado en Tlaxcaltongo, Pue., el 20 de mayo de 1920. 

Posteriormente el General Obregón fue electo Presidente de la República y en 1923 ante la sucesión presidencial apoyo la candidatura del General Plutarco Elias Calles, por lo que Adolfo de la Huerta apoyado por varios Generales y más de la mitad de las fuerzas del Ejército, encabezó una nueva rebelión conocida como “Delahuertista”. 

El General Obregón se puso al frente de las huestes leales al gobierno con las que derrotó a los sublevados.

 En 1926, un grupo de Yaquis trató de detener el tren en el que viajaba el General Álvaro Obregón, para solicitarle que les regresaran sus tierras. Las tropas que escoltaban al General creyeron que era un ataque, por lo que se volvió una escaramuza. 

Tropas gubernamentales atacaron a los Yaquis en las zonas de la sierra, acabando con la ultima rebelión Yaqui del Siglo XX. 

A fines de 1926 y principios de 1927, en el occidente de nuestro país grupos de católicos se levantaron en armas contra el gobierno del General Calles por considerar que la Iglesia católica era hostilizada. 

La rebelión se generalizó por todo el país, en especial en los estados de Zacatecas, Aguascalientes, Jalisco, Guanajuato, Querétaro, Michoacán y Colima. Esta sublevación concluyó en julio de 1929 al firmarse los tratados de paz entre la Iglesia y el Estado. 

Asimismo en 1927, los Generales Arnulfo R. Gómez y Francisco R. Serrano se rebelaron ante la reelección del General Álvaro Obregón, por lo que tropas gubernamentales rápidamente acabaron con la sublevación. 

Dos años más tarde, se dio la rebelión escobarista, en la que algunos generales desleales arrastraron a la infidencia a las tropas de los estados del Norte, la rebelión fue rápidamente liquidada y se inició el proceso de pacificación y por ende el desarrollo económico. 

La última rebelión la encabezó el General Saturnino Cedillo en San Luis, lo cual fue rápidamente controlada por las tropas leales a las instituciones legalmente establecidas. 

A partir de 1925, se estableció un plan para profesionalizar al Ejército surgido de la Revolución, para el efecto, el General Joaquín Amaro, Secretario de Guerra y Marina, reestructuró la educación militar, creó nuevos planteles como la Escuela Telegráfica, remodeló los cuarteles militares, se publicaron nuevas Leyes y Reglamentos. 

Se crearon el Estado Mayor General y la Inspección General del Ejército, se mandó a Generales al extranjero como agregados militares, se crearon varias escuelas como la Superior de Guerra, de Veterinaria, de Aplicación para las Armas, para la tropa y para sus derechohabientes, entre otras.

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