Después de la fundación de San Juan del Río y Querétaro en 1531, la señora Beatriz de Andraca, poseedora de gran parte de este territorio, estableció el mayorazgo de La Llave, en 1535.
En 1859, el último heredero tuvo que enfrentar las demandas de los abundantes beneficiarios de los legados.
Para 1910, con la finalidad de otorgar educación a los hijos de los trabajadores y cambiar el desarrollo general de las estructura de sus propiedades, la hacienda funcionó como escuela.
A partir de la década de los años cuarenta del siglo XX, el reparto agrario vino a terminar con la hacienda de La Llave, considerada como la más grande de la región. En 1982, se pretendió crear en este lugar un centro turístico de gran atractivo sin embargo el proyecto no prosperó.
En posesión del gobierno estatal, se decidió que fuera utilizado por alguna unidad del Ejército, habiéndose ocupado esta bella instalación varias corporaciones. Cabe mencionar que se han llevado a cabo varias restauraciones para recobrar la belleza de sus instalaciones y conservándose como monumento arquitectónico e histórico.
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