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El 6 de abril de 1970 se publica en el diario oficial de la federación el decreto de creación del plantel, emitido por el presidente de la república, Lic. Gustavo Díaz Ordaz y el Secretario de la Defensa Nacional, el Gral. Marcelino García Barragán.

Desde su fundación y hasta el 12 de septiembre de 1976, el cuerpo de gobierno del plantel tuvo sus oficinas administrativas en el hospital central militar. El 13 de septiembre del mismo año se inauguran sus propias instalaciones ubicadas en el campo de la escuela médico militar.

El 24 de febrero de 1983, el C. Presidente de la república Lic. Miguel de la Madrid Hurtado, hizo entrega del lábaro patrio al director del plantel.

Con fecha 1 de octubre de 1984 la escuela militar de graduados del servicio de sanidad, cambió su denominación por "escuela militar de graduados de sanidad". En 1989, se creó la subdirección de investigación y se equipó en sus diferentes áreas el laboratorio multidisciplinario de investigación.

Con fecha 16 de noviembre del 2010, se autorizó la creación del curso de especialización y residencia en neurocirugía, que es impartido en esta institución educativa.

Se han autorizado con fecha 1 septiembre la creación de los siguientes cursos:
  • 2011 especialización y residencia en neumología y especialización y residencia cardiología intervencionista.
  • 2012 especialización y residencia en hematología.
  • 2013 para médicos de especialización y residencia en cirugía oncológica, oncología médica, oncología pediátrica, radio-oncología. Personal de enfermería con licenciatura: especialización y residencia  en enfermería oncológica y personal de enfermería con curso previo de  radiología: especialización en radioterapia.
  • 2014 curso de  alta especialidad en broncoscopia y neumología intervencionistas, especialidad en cuidados respiratorios con aplicación en broncoscopia y procedimientos pleuropulmonares especiales, especialidad en cuidados respiratorios con aplicación en laboratorio de función pulmonar y curso de alta especialidad en glaucoma.
Todos son impartidos en esta institución educativa.

Por orden del C. General Secretario de la Defensa, se autorizó realizar los trámites necesarios para obtener la patente del “sistema inductor-sensor, para detección de cáncer de glándula mamaria, a través de campos magnéticos”, creado durante el desarrollo del proyecto de investigación sobre la detección oportuna de cáncer de mama a través de la inducción magnética y nanopartículas bioconjugadas.

Con fecha 5 de julio del 2014 se creó la oficina de enlace de la escuela militar de graduados de sanidad en el hospital central militar.

El plantel depende del alto mando del Ejército y Fuerza Aérea Mexicanos, a través de la universidad del ejército y fuerza aérea. Es un establecimiento de educación militar superior de posgrado que imparte cursos en los niveles de doctorado, maestría, especialidad y de técnico especializado.

El personal en instrucción lo constituyen los militares del ejército, fuerza Aérea y armada y civiles nacionales, así como becarios extranjeros civiles y militares; el personal docente en su mayoría, pertenece a la planta de los diversos campos clínicos en los que se materializa la formación de los alumnos de este plantel.

La escuela militar de graduados de sanidad, ofrece la oportunidad de efectuar cursos en las áreas de doctorado, maestrías, cursos de especialización, residencias médicas y odontológicas y cursos de técnicos especializado para personal de médicos cirujanos, dentistas, enfermeras, oficiales de sanidad.