Los orígenes de este Plantel de Educación Militar, se remontan al año de 1934, cuando la Comisión de Estudios Militares de la Secretaría de Guerra y Marina, nombró como Jefe de un Curso de Meteorología con fines militares, al Comodoro (Vicealmirante) Leopoldo Hernández Aceves, con la misión de formar los cuadros del Servicio Meteorológico del Ejército, graduándose 11 jefes y oficiales de las armas del ejército.

Después de la Segunda Guerra Mundial y con base en las lecciones aprendidas, se consideró la creación de un plantel en el cual se obtuvieran conocimientos del desarrollo técnico científico de la meteorología, por lo que se decidió crear en la Ciudad de México, D.F., la Escuela Militar de Meteorología, misma que pasó revista de entrada el 22 de enero de 1947, siendo su primer Director el entonces Tte. Cor. Piloto Aviador y lic. Ángel H. Corso Molina. 

La Escuela fue Abanderada el 15 de septiembre de 1952, habiendo recibido el Lábaro Patrio de manos del General de División Piloto Aviador Antonio Cárdenas Rodríguez, entonces Jefe de la Fuerza Aérea Mexicana, en representación del Presidente Constitucional de los Estados Unidos Mexicanos, Licenciado Miguel Alemán Valdez. 

El 09 de julio de 1959 siendo Director el C. Gral. de Bgda. Piloto Aviador Javier González Gómez, por acuerdo del Secretario de la Defensa Nacional, recibe órdenes en el sentido de que trasladara la Escuela Militar de Meteorología a su nuevo destino: la Base Aérea Militar no. 5 (Zapopan, jal.), e integrarse al Colegio del Aire, considerando a las Escuelas Militares de Aviación, de Mecánicos Especialistas de Aviación y de Meteorología.

Por Decreto Presidencial Publicado el 7 de mayo de 1963 en el Diario Oficial de la Federación, la Escuela Militar de Meteorología pasó revista de cese y en la misma fecha de entrada como Escuela Militar de Especialistas de Fuerza Aérea.

Desde su creación el plantel ha ocupado las siguientes sedes: 

  • 1947-1950, Escuela Militar de Meteorología en los talleres de construcciones aeronáuticas, Calzada México-Puebla, Balbuena, D.F.
  • 1950-1952, Escuela Militar de Meteorología, edificio Azcarate, Col. Federal, México, D.F.
  • 1952-1955, Hangares de la Fuerza Aérea Mexicana, Balbuena, D.F.
  • 1955 Talleres de construcciones aeronáuticas, Calzada México-Puebla, Balbuena, D.F.
  •  De 1959 a la fecha, Base Aérea Militar No.5 (Zapopan, Jal.), dependiendo del Colegio del Aire.

A partir de 1982 y hasta 1992, además de impartir la carrera de Meteorólogo Militar y los cursos de formación de Oficiales de Fuerza Aérea Controladores de Vuelo y Aerologistas, albergo entre sus aulas y graduó a oficiales de Fuerza Aérea Especialistas en el Electrónica de Aviación y de Armamento Aéreo, hoy impartidos por la Escuela Militar de Mantenimiento y Abastecimiento.

En el año 2007, la Secretaría de la Defensa Nacional en relación a la equidad de género, autorizó que personal femenino ingresará a este plantel educativo como discente en calidad de interno, presentándose a iniciar sus actividades 17 cadetes, culminando sus estudios de manera satisfactoria 9 de ellas, graduándose 4 como subtenientes de Fuerza Aérea Aerologistas y 5 como Controladoras de Vuelo, siendo la primera Institución de Educación Militar Aérea en hacerlo.

A la fecha se han graduado satisfactoriamente de este Plantel de Educación Militar 21 oficiales de Fuerza Aérea Femeninas (8 Controladoras de vuelo y 13 Aerologistas), quienes fueron asignadas a diversos organismos de nuestra Fuerza Aérea Mexicana.

Durante ese mismo año 2007 y con motivo del incremento de las relaciones Interinstitucionales entre las Secretarías de la Defensa Nacional y de Marina, se originó un mayor intercambio docente, discente, cultural, académico, de investigación y de desarrollo, por lo que ingresó a este plantel personal becario perteneciente a la Secretaria de Marina, graduándose a la fecha 37 elementos becarios de citada Secretaria.