Tras ocurrir este trascendental hecho y al ver la necesidad de contar con personal altamente capacitado para operar aeronaves mas pesadas que el viento, se crea la Escuela Nacional de Aviación, el 15 de Noviembre de 1915, siendo nombrado Director, el Mayor Piloto Aviador, Alberto Leopoldo Salinas Carranza, estableciendose en los Campos de Balbuena, Ciudad de Mexico.

La Escuela Nacional de Aviación contaba con dos instructores, el profesor Santarini y el Teniente Ingeniero Juan Guillermo Villasana López gran precursor de la aviacion nacional y creador de varios diseños de aeroplanos y de la emblematica hélice Anáhuac asi como dos pilotos, Jorge Pluffea, Leonardo Bonney y 27 alumnos.

Para 1917 cambia su nombre por el de Escuela Militar de Aviación adquiriendo relevancia por ser este año en el que se instituye el primer reglamento del Plantel.

El 22 de Febrero de 1918 se entrego el primer titulo de la Escuela Nacional de Aviación al Teniente Samuel C. Rojas Rasso, fue el primer Piloto Aviador Militar en ostentar el grado de General y único en ser Director del Heroico Colegio Militar,  Director General del Departamento de Educación Militar actualmente Dir. Gral de Educ. Mil. y Rect. de la U.D.E.F.A. y Jefe del Departamento de Aeronáutica, hoy en día Comandancia de la Fuerza Aérea Mexicana.

El 16 de septiembre de1918 participá por primera vez la Escuela Militar de Aviacion en el Desfile de la Independencia Nacional en la Cd. de México, con Contingentes Terrestre y Aéreo.

Del 7 al 9 de Mayo de 1920, Pilotos de la Escuela Militar de Aviación defendieron la salida del Presidente Carranza de la ciudad de México a bordo del tren presidencial, cuando era perseguido por las tropas del cuartelazo dirigido por Álvaro Obregón, Plutarco Elías Calles y Adolfo de la Huerta.

Durante febrero de 1922, la ubicación y el nombre son cambiados, denominándose Escuela Militar de Aeronáutica y estableciéndose en el Parque de Ingenieros, en Arcos de Belén,Ciudad de Mexico, situación en la que además adopta un nuevo reglamento. 

Los Campos de Balbuena acogen nuevamente al Plantel en 1925, cambiando su nombre por el de Escuela Militar de Aplicación Aeronáutica

La Escuela Militar de Aviación adquiere el nombre que hasta la fecha conserva en 1932, año en el que el 31 de octubre cambia su ubicación a la ex-fábrica de Azcárate, en el lindero del Puerto Central Aéreo en  la Ciudad de Mexico y donde se expide el tercer reglamento del Plantel. 

En el año de 1935 la Escuela se traslada a Veracruz, Ver., ubicándose en el aeropuerto de las bajadas y para 1939, su sede es cambiada a Monterrey, N.L. 

El Estado de Jalisco acoge a la Escuela Militar de Aviación en 1940, estableciéndose en la Ex-hacienda del Espíritu Santo, contigua al Campo de Aviación de las Juntas, de Guadalajara, Jal.; un año ocupó esa instalación, ya que en 1941, se traslada al lugar que hoy ocupa en la B.A.M. No. 5, municipio de Zapopan, Jal. 

El Lic. Miguel Alemán Valdez, en 1951 siendo Presidente Constitucional de los Estados Unidos Mexicanos, expide el decreto mediante el cual entra en vigor el nuevo reglamento interior de este Plantel

Un decreto presidencial, del 22 de agosto de 1959 y publicado el 9 de septiembre del mismo año en el Diario Oficial de la Federación, integra a la Escuela Militar de Aviación al Colegio del Aire

El sustento legal del Colegio del Aire aparece en el Diario Oficial de la Federación de fecha 13 de abril de 1993, cuando es publicado su Reglamento General, el cual entró en vigor el día 14 del mismo mes, y donde quedan integradas las disposiciones relativas a la Escuela Militar de Aviación, derogándose el reglamento interior del año de 1951.

El 1 de septiembre del año 2007 ingreso la primera generación y la primer mujer a la Escuela Militar de Aviación que egresarían como Oficiales de Fuerza Aérea Piloto Aviador Licenciado en Ciencias Militares, debido al cambio de nivel de estudios de técnico superior universitario a licenciatura, aumentando un año más de estudios para evacuar los créditos requeridos.

Asi mismo el 31 de Agosto de 2011 egreso la primera generación del Curso de Formacion de Oficiales de Fuerza Aérea, Piloto Aviador Licenciado en Ciencias Militares y junto a ella la primer mujer al servicio de la patria.

El 15 de noviembre del 2015 resalta de emblematica importancia para la Escuela Militar de Aviacion, por ser esta fecha en que se conmemora el Centenario de su creacion, brindando al pueblo de Mexico Pilotos Aviadores Militares salvaguardando la soberania del espacio aereo nacional.