Gracias a la obra del Coronel Francisco Montes de Oca y durante la presidencia del General Manuel González, se fundó la Escuela Práctica Médico Militar, dentro del Hospital de San Lucas, en la que por primera vez los médicos militares mexicanos estudiaron oficialmente con base en un plan de estudios.
Como tal prestó sus servicios en forma ininterrumpida durante el resto del siglo XIX y hasta los años de la Revolución Mexicana, los acontecimientos de este movimiento armado ocasionaron el cierre del plantel en 1914. Al concluir la Revolución, la escuela fue inaugurada simbólicamente el día 12 de octubre de 1916 en las instalaciones del Hospital Militar de Instrucción, posteriormente, el 1/o. de Enero de 1917 el Primer Jefe del Ejército Constitucionalista Don Venustiano Carranza, decretó la apertura de la escuela bajo la denominación de Escuela Constitucionalista Médico Militar, finalmente el 15 de Marzo de 1917, se iniciaron las clases bajo la dirección del Coronel Guadalupe Gracia García. De esta manera se garantizaba la práctica clínica de los cadetes, futuros Médicos Militares, gracias a la Unidad Escuela-Hospital como se desarrolla hoy en día en las más prestigiadas instituciones de educación en salud de las principales universidades del mundo, de cuyo modelo es pionero nuestro plantel en México desde el siglo XIX. El edificio de referencia sufrió un derrumbe en 1930 que ocasionó la muerte de dos cadetes, por lo que la escuela tuvo que trasladarse a las instalaciones del antiguo Convento Mercedario, adyacente a la iglesia de Nuestra Señora de la Merced en las calles de los Arcos de Belén.
La Escuela de Arcos de Belén funcionó en ese local, ya con el nombre de Escuela Médico Militar de 1931 a 1945 y al mismo tiempo como hospital, llamado Hospital General Militar de 1931 a 1941. El hospital se trasladó a su actual edificio de Lomas de Sotelo en el año de 1942. Durante la gestión presidencial del General Manuel Ávila Camacho se construyó el primer complejo de edificios que ocupó el plantel en Lomas de Sotelo, en las orillas de la ciudad frente a los Llanos de Polanco.
Por primera vez la Escuela Médico Militar tuvo su local ex-profeso, en edificaciones separadas a las del hospital, aquel complejo subsistió de 1946 a 1975. A partir del año 1973 la escuela admitió personal femenino para su formación, hecho que le ha dotado de una calidad moral especial, ya que fue el primer internado militar de nivel superior y mixto que se creó en el país. Al haberse tornado insuficiente después de 30 años de productividad, este complejo de Lomas de Sotelo fue derrumbado para construir las instalaciones que ocupó, de 1976 a 2015.
A partir del 5 de Febrero del 2015, desocupó sus instalaciones nuevamente, siendo demolidas, para dar lugar a la construcción de las nuevas instalaciones que hoy ocupa, mismas que fueron inauguradas por el C. Presidente de la Repúbica Licenciado Enrique Peña Nieto el pasado 15 de marzo del 2016.
