DIE - Dirección de Información Epidemiológica:
El objetivo de esta Dirección es coordinar el componente del Sistema de la Notificación Semanal de Casos Nuevos de Enfermedad Sujetos a Vigilancia Epidemiológica, analizar la información y difundir los resultados en forma periódica, para mantener actualizado el panorama epidemiológico.

DVEET - Dirección de Vigilancia Epidemiológica de Enfermedades Transmisibles:
El objetivo de esta Dirección es coordinar los sistemas de vigilancia epidemiológica de enfermedades transmisibles sujetas a vigilancia epidemiológica para obtener información y conocimientos epidemiológicos que orienten las acciones de los programas de acción correspondientes.

DVEENT - Dirección de Vigilancia Epidemiológica de Enfermedades no Transmisibles:
El objetivo de esta Dirección es coordinar la vigilancia epidemiológica de las enfermedades no transmisibles sujetas a vigilancia epidemiológica, mediante los sistemas especiales para mantener actualizado el panorama epidemiológico de dichas enfermedades.

DIOE - Dirección de Investigación Operativa Epidemiológica: 
El objetivo de esta Dirección es coordinar el desarrollo de investigación operativa y la implementación de nuevas tecnologías para fortalecer la vigilancia epidemiológica, así como generar información de riesgos epidemiológicos, para ser utilizados por los programas de prevención y promoción de la salud.