​​​La Ley Orgánica de la Procuraduría General de la República en su artículo primero dicta que "la Procuraduría es la dependencia del Poder Ejecutivo Federal, en la que se integran la Institución del Ministerio Público Federal y sus órganos auxiliares directos para el despacho de los asuntos que a aquélla y a su titular, en su caso, atribuyen los artículo 21 y 102 de la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos, el presente ordenamiento y las demás disposiciones legales aplicables"

Dicho ordenamiento organiza a la Procuraduría en lo general, e instituye un cambio sustancial de técnica normativa, ya que recoge y ordena las atribuciones de las Unidades que integran la Institución y permite a su Reglamento distribuirlas orgánicamente, imprimiendo así actualidad y dinamismo en su despacho.​

​Esa​ Ley Orgánica preveía la promulgación de un Reglamento, mismo que fue publicado en el D.O.F. el 8 de marzo de 1985. ​En este Reglamento, la organización de la Procuraduría se estructuró a partir del Procurador General y además contó con dos Subprocuradurías, una Oficialía Mayor, una Visitaduría General, una Contraloría Interna y trece unidades con rango de Dirección General.

Por otro lado y en cumplimiento al Plan Nacional de Desarrollo 1984, el Procurador expide el Acuerdo 7/84 relativo a la desconcentración de funciones administrativas creando las Delegaciones de Circuito y once agencias del Ministerio Público fuera de la zona metropolitana del D.F.

Se creó la Dirección General de Protección a los Derechos Humanos, a fin de dar un seguimiento minucioso de las recomendaciones que formulara la Comisión Nacional de los Derechos Humanos, sobre la actuación ministerial de la Institución.​

​​Para fortalecer el proceso de desconcentración administrativa y unificar criterios en la aplicación de la política de procuración e impartición de justicia, se fusionaron las Subprocuradurías Regionales Norte y Sur dando lugar a la Subprocuraduría de Delegaciones y Visitaduría.

A fin de reforzar las acciones relativas a la lucha contra el narcotráfico, se creó la Dirección General para la Erradicación de Cultivos Ilícitos, encargada de coordinar las acciones tendientes a destruir los plantíos de enervantes localizados en territorio nacional.

Con la finalidad de dar congruencia y unidad a la política informática de la Institución y en atención a la dinámica en el desarrollo de procesos electrónicos de sistemas y datos se formó la Dirección General de Informática y Estadística, como la instancia rectora en esa materia.​

El 8 de octubre se expide un nuevo reglamento de la Ley Orgánica de la Procuraduría General de la República que fue publicado en el Diario Oficial de la Federación el 8 de Octubre de 1993, e incorporó áreas de nueva creación tales como: la Subprocuraduría Especial y la Fiscalía Especial para la Atención de Delitos Electorales, ambas obedecían a necesidades apremiantes, la primera para esclarecer el homicidio del C. Luis Donaldo Colosio Murrieta, candidato a la Presidencia de la República, y la segunda para proporcionar confianza a la ciudadanía en los procesos electorales.

Como resultado de un proceso de reestructuración integral de esta Institución durante el periodo 1995-1996, se expidió el Reglamento de la Ley Orgánica de la Procuraduría General de la República, publicada en el Diario Oficial el 27 de Agosto de 1996, donde se precisaron los cambios de cinco a seis Subprocuradurías; se integraron Direcciones Generales en las Subprocuradurías de Coordinación General y Desarrollo, Jurídica y Asuntos Internacionales, así como en las Subprocuradurías de Procedimientos Penales A, B y C que aglutinaron a 6 Direcciones Generales y 32 Delegaciones Estatales, se dio con ello mayor fluidez a los asuntos de cada una de las Subprocuradurías. Asimismo, se creo la Fiscalía Especializada para la Atención de Delitos contra la Salud, en sustitución del Instituto Nacional para el Combate a las Drogas (INCD), también se adicionaron las Unidades Especializadas en Delincuencia Organizada, y contra el Lavado de Dinero.

​​En Junio de 2003, expide el Reglamento de la Ley Orgánica de la Procuraduría General de la República que se publica en el D.O.F. el 25 de Junio de 2003.

La Procuraduría se integra por cinco Subprocuradurías, dos Fiscalías Especializadas, una Oficialía Mayor, una Visitaduría General, una Agencia Federal de Investigación, tres Coordinaciones, once Unidades, 41 Direcciones Generales, 35 Organos Desconcentrados y 6 Agregadurías.

Se fortalece la función internacional, se crean dentro del tramo de control de la Subprocuraduría Jurídica y de Asuntos Internacionales, la Coordinación de Asuntos Internacionales y Agregadurías, asimismo las Direcciones Generales de Extradiciones y Asistencia Jurídica y la de Cooperación Internacional.

​​La Dirección General de lo Contencioso y Consultivo cambia su denominación por Dirección General de Asuntos Jurídicos.

En la Oficialía Mayor se crea el órgano desconcentrado denominado Centro de Evaluación y Desarrollo Humano, teniendo como principal función la de evaluar médica, psicológica, poligráfica y socioeconómica a los miembros del Servicio de Carrera así como personal de confianza de la Institución.
La Dirección General de Informática y Telecomunicaciones se reubica dentro de la Oficialía Mayor y cambia su nomenclatura por Dirección General de Telemática

 

Para combatir el crimen organizado, que alcanza niveles alarmantes en número y formas de delitos, se orienta la función hacia la especialización; se crea la Subprocuraduría de Investigación Especializada en Delincuencia Organizada, con seis Unidades Especializadas en Investigación de Delitos: contra la Salud; Terrorismo, Acopio y Tráfico de Armas; Operaciones con Recursos de Procedencia Ilícita y de Falsificación o Alteración de Moneda; Secuestros; Tráfico de Menores, Indocumentados y Organos; y Asalto y Robo de V​ehículos.

Por otro lado se crea la Subprocuraduría Especializada en Delitos Federales, que incorpora cuatro Unidades Especializadas en Investigación de Delitos: contra los Derechos de Autor y la Propiedad Industrial; Fiscales y Financieros; los cometidos por Servidores Públicos y contra la Administración de Justicia; y finalmente contra el Ambiente y Previstos en leyes especiales.

Se refuerza a la Agencia Federal de Investigación al incorporarse la Unidad de Operaciones, que contará con las Direcciones Generales de: Erradicación y la de Intercepción; que tienen por objeto, combatir frontal y eficazmente, no sólo al narcotráfico a gran escala, sino también al narcomenudeo, que adquiere preocupantes índices y en el que se incluyen en esta actividad delictiva, menores de edad. Asimismo, la Dirección General de la Oficina Central Nacional Interpol-México cambia su denominación por Dirección General de Asuntos Policiales Internacionales e Interpol.

Para la atención integral y regional de los procesos penales federales, se crea la Subprocuraduría de Control Regional, Procedimientos Penales y Amparo; se crean dos Direcciones Generales, la de Control de Averiguaciones Previas y la de Control de Procesos Penales Federales. La Dirección General de Amparo adscrita a la Subprocuraduría Jurídica y de Asuntos Internacionales, se reubica en esta Subprocuraduría. Asimismo para reforzar la coordinación entre el ámbito central y el desconcentrado, se crea la Coordinación General de Delegaciones.

Finalmente para apoyar a las Unidades Administrativas de la Procuraduría General de la República, en lo que respecta a:  Innovación, Mejoramiento, Planeación, Coordinación Institucional; Servicios Periciales; así como a la capacitación y formación profesional del Servicio de Carrera, se crea la Coordinación de Planeación, Desarrollo e Innovación Institucional.​​​​