El Convenio de Administración por Resultados tiene su sustento legal, en lo que dispone el Artículo 59 de la Ley de Ciencia y Tecnología, artículo que señala que los Centros Públicos de Investigación (CPI) celebrarán Convenios de Administración por Resultados con la respectiva dependencia coordinadora del sector, en el caso del INIFAP es la Secretaría de Agricultura y Desarrollo Rural, (AGRICULTURA); el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACyT) y las Secretarías de Hacienda y Crédito Público (HACIENDA) y de la Función Pública (FUNCIÓN PÚBLICA).
El propósito fundamental de la actualización del Convenio de Administración por Resultados 2020-2024 del INIFAP, es mejorar las actividades del Instituto, con el objeto de alcanzar las metas y lograr los resultados programados y convenidos, tener una actuación y un ejercicio de gasto y rendición de cuentas más eficiente y transparente; así como, vincular la administración por resultados con el presupuesto que se le asigne con base en el enfoque de Presupuesto basado en Resultados (PbR).