Laboratorio de Instrumental de Compuestos Orgánicos: Cuenta con técnicas analíticas para la cuantificación de contaminantes orgánicos, como son la cromatografía de gases con detectores de captura de electrones, ionización de flama y nitrógeno-fósforo (GC-ECD, GC-FID, GC-NPD) y la cromatografía de gases con espectrometría de masas (GC-MS).
Laboratorio de Espectrometría de Absorción y Emisión Atómica: Cuenta con espectrómetros de masas con fuente de plasma de acoplamiento inductivo acoplado a cromatografía de líquidos (ICP-MS-HPLC), espectrómetro óptico de emisión (ICP-AES) y espectrómetro de absorción atómica de vapor frío (CVAAS), que permiten la identificación y cuantificación de metales y elementos.
Laboratorio de Cromatografía Líquida: Cuenta con equipos de cromatografía de líquidos, cromatografía de iones y cromatografía de gases con espectrometría de masas triple cuadrupolo (GC-MS-QQQ), los cuales son instrumentos altamente especializados para la cuantificación de aniones, cationes y herbicidas entre otros.
Laboratorio de Caracterización Química de Partículas: Cuenta con un espectrofotómetro de fluorescencia de rayos X (XRF) que determina los elementos químicos ligeros y pesados y un analizador termo-óptico (TOC) para medir fracciones de carbono orgánico y carbono elemental.
Laboratorio de Acondicionamiento y Pesaje de Filtros: Cuenta con instrumental para realizar el análisis gravimétrico de partículas suspendidas PM1, PM 2.5 y PM10.
Laboratorio de Compuestos Orgánicos Volátiles: Cuenta con equipos de cromatografía de gases con detector de conductividad térmica (GC-TCD) y espectrometría de masas (GC-MS) para la cuantificación de contaminantes orgánicos volátiles en muestras colectadas en canisters y cartuchos o directamente de aire ambiente.
Laboratorio de Bioensayos: Tiene la capacidad de evaluar la toxicidad aguda a través de bioindicadores expuestos a muestras ambientales.
Laboratorio de Residuos: Cuenta con equipamiento para la caracterización de residuos sólidos urbanos, así como para la medición de las emisiones a la atmósfera de metano y CO en sitios de disposición final, además se tiene equipamiento para determinar el poder calorífico de residuos.
Laboratorio de Organismos Genéticamente Modificados: Cuenta con el equipamiento para realizar la detección e identificación de organismos genéticamente modificados.
Laboratorio de Calibración y Transferencia de Estándares: Realiza campañas de caracterización de la calidad del aire en ciudades y sitios seleccionados, así como evaluaciones técnicas de los instrumentos de los sistemas de Monitoreo de Calidad del Aire del país mediante la operación de unidades móviles. Apoya técnicamente a los sistemas de monitoreo atmosférico del país y capacita a su personal operativo. Opera y mantiene los estándares que permiten establecer la referencia para las mediciones que realizan los sistemas de monitoreo de calidad del aire del país, dando trazabilidad a dichas mediciones e incrementando la confiabilidad de la información generada.
Finalmente, los laboratorios del INECC participan en la generación y actualización de normas asociadas al muestreo y análisis de contaminantes ambientales, sustancias químicas y residuos; calibración de equipos de medición de contaminantes atmosféricos, y la detección e identificación de organismos genéticamente modificados.