La institucionalización de la perspectiva de género implica un cambio sustantivo en toda la estructura organizacional del Indesol (modificación de normatividad, políticas, y presupuestos), de manera que se incorpore sistemática y cotidianamente en todas las prácticas y procesos del Instituto, que dé lugar a la creación de una cultura en pro de la igualdad, la no discriminación, la inclusión social y la disminución de la violencia.

Por su parte, la transversalización de la perspectiva de género en los programas del Indesol se concibe como una herramienta que hace de los intereses, necesidades y circunstancias de mujeres y hombres una dimensión central en el diseño, implementación, monitoreo y evaluación de todas las acciones del PCS y el PAIMEF, para contribuir a lograr la igualdad sustantiva, desde un enfoque de derechos humanos.