Manuel Antonio Magaña Moheno es egresado de la Facultad de Derecho de la Universidad Nacional Autónoma de México, cuenta con especialidad en Seguridad Nacional por el Instituto Nacional de Administración Pública (INAP) y Maestría en Administración y Políticas Públicas por la escuela de Políticas Públicas (IEXE).

Ha fortalecido su formación Académica y Profesional a través de diversos Seminarios y Talleres , destacando entre ellos: Gobernanza en México y el Programa de Alta Dirección de Entidades Públicas, impartido por el Centro de Investigación y Docencia Económica (CIDE); E-TRACE Traning, ATF, impartido por el Departamento de Justicia de los Estados Unidos; Curso de formación impartido por el Ministerio del Interior de Francia; Seguridad Nacional y  Servicios de Inteligencia, Facultad de Ciencias Políticas UNAM; formador de Instructores, Narcotics Affairs Section, impartido por la Embajada de los Estados Unidos de Norte América, Análisis de la información por la Procuraduría General de la República; Planeación Estratégica por la Facultad de Ingeniería de la UNAM y diversas actualizaciones al Sistema de Justicia Penal por la Suprema Corte de Justicia de la Nación.

Se ha desempeñado en el Sector Público en diversos Órganos Internos de Control de la Administración Pública Federal, así como en la Secretaria de la Función Pública y en la Procuraduría General de la República donde se desempeñó como Agente de Ministerio Público de la Federación Titular de la Unidad de Política Criminal en la Delegación Metropolitana.