El Maestro Juan Carlos Zepeda cuenta con amplia experiencia en la industria petrolera. Dentro de la Secretaría de Energía y de la Secretaría de Hacienda ha tenido a su cargo diversas responsabilidades en el campo de la economía del petróleo. Se mencionan algunas de ellas: En la Secretaría de Hacienda, la evaluación de proyectos de inversión de Petróleos Mexicanos; diseño del régimen fiscal de Pemex; evaluación y seguimiento del presupuesto y finanzas de Pemex, y diseño de la política de precios de la industria petrolera.

En la Secretaría de Energía, como Director General de Exploración y Explotación de Hidrocarburos, tuvo a su cargo la evaluación técnica de los proyectos de exploración y explotación.

Es egresado de la Licenciatura en Economía por el Instituto Tecnológico Autónomo de México. Es maestro en Economía y Finanzas por parte de la Universidad Warwick, en Reino Unido y maestro en Economía por la Universidad de Georgetown en Washington, misma en la que realizó estudios Doctorales en Economía.

En 2009 fue nombrado Presidente de la Comisión Nacional de Hidrocarburos por un periodo de cinco años. El 30 de abril de 2014 el pleno de la Cámara de Senadores lo designó como Comisionado Presidente por un segundo periodo de cinco años más.