Las Direcciones Regionales tienen como objetivo atender problemas emergentes de comercialización, procesos para la certificación de calidad, capacitación y asistencia técnica para la competitividad agrícola de las cosechas nacionales; así como, la inversión de recursos en la construcción y rehabilitación de sistemas de almacenamiento de granos y oleaginosas en el centro y sur-sureste del país. Se busca lograr lo anterior,  mediante un programa de otorgamiento de incentivos a pequeños y medianos productores para que puedan enfrentar con mayor eficiencia el proceso comercial y mejorar su ingreso.

Los incentivos a la comercialización serán determinados por producto elegible, ciclo agrícola, entidad federativa o región. Los productos elegibles son granos básicos y oleaginosas tales como el maíz, trigo panificable, trigo cristalino, sorgo, soya, cártamo, canola, arroz, girasol y frijol; productos estratégicos como café, algodón y todos aquellos que determine la Unidad Responsable, dentro de los considerados en el artículo 179 de la Ley de Desarrollo Rural Sustentable.

De esta manera se pretende lograr la autosuficiencia alimentaria, sustentada en más producción, mayor responsabilidad ambiental e inclusión de productores de todos los tamaños y condiciones.

El Objetivo de las Direcciones Regionales es dirigir, supervisar y fomentar la operación de los programas de Comercialización, Promoción de Comercio Exterior, promoción de las cadenas productivas y la integración de los productos en cadenas de valor y el pago de apoyos fiscales a productores localizados dentro del área de influencia de las Unidades Estatales y la Dirección Regional, mediante el establecimiento de sistemas y mecanismos de comunicación, evaluación de las normas y mejora continua de los programas autorizados, para lograr en condiciones de equidad, el desarrollo equilibrado de los mercados de productos agropecuarios.​​​