Como parte de los instrumentos novedosos para  financiar proyectos de cooperación para el desarrollo promovidos por México en los últimos años, están los fondos conjuntos con países socios. A través de este modelo se busca desarrollar proyectos de mayor impacto, basados en modalidades de cooperación más allá de las tradicionales en la cooperación Sur-Sur, al mismo tiempo de dan un financiamiento sólido y flexible, con efectos positivos en el desarrollo de ambos países.

Un ejemplo de ello es el Fondo México-Uruguay, creado en 2009 tras la firma de un Acuerdo de Asociación Estratégica (AAE). La coordinación de este Fondo recae, de acuerdo al AAE, en la Comisión de Cooperación Técnica y Científica, encabezada por la Agencia Mexicana de Cooperación Internacional para el Desarrollo (AMEXCID) y la Agencia Uruguaya de Cooperación Internacional (AUCI).

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Esta Comisión es la encargada de decidir cuáles serán las iniciativas a apoyar en cada programación. Los proyectos que financia el Fondo Conjunto son seleccionados a través de convocatorias bienales, dirigidas a instituciones del sector público, a gobiernos estatales y municipales. En años anteriores se ha apoyado a organizaciones de la sociedad civil, organizaciones no gubernamentales y empresas; sin embargo, éstas deben postular asociándose con una institución del sector público.

La Comisión de Cooperación del Fondo define áreas temáticas específicas. Actualmente son: desarrollo social; salud;  agropecuario; ciencia, tecnología e innovación; gobernabilidad-fortalecimiento y gestión de políticas públicas; medio ambiente y cambio climático y; educación y cultura.

En la convocatoria 2018, se recibieron 51 propuestas, presentadas de manera conjunta por instituciones mexicanas y uruguayas. La Programación 2018-2020 del Fondo quedó constituida por 10 proyectos que iniciarán su ejecución en 2019.

Proyectos del Fondo México- Uruguay:

Conservación del Patrimonio Fotográfico de Uruguay

-Desarrollo de capacidades científicas en ecosistema de recursos marinos

-Sistema electrónico de ayuda médica para el diagnóstico del estado de avance de la enfermedad del pie diabético

-Estudio teórico de la resistencia a la insulina en la diabetes tipo II

-Diseño, Tecnología e Innovación, intercambio UAM-UTU

-Primera Infancia, Arte, Derechos Humanos y Convivencia Ciudadana

-Comunidades de aprendizaje para la sustentabilidad en contextos rurales y urbanos de Chiapas y Montevideo

-Implementación del proyecto ECHO Cuidados Paliativos

-Fortaleciendo el Desarrollo de las Mujeres Rurales y sus comunidades

-Mediciones eficaces respaldando el Desarrollo Local

-Fortalecimiento de capacidades de las instituciones públicas en la gestión de estrategias de adaptación y mitigación al cambio climático