Toda esta documentación que en total dan 757 volúmenes nació a partir de la desamortización y nacionalización de bienes que se presentó con la llegada de un grupo de notables liberales al poder encabezados por Melchor Ocampo, Benito Juárez, Miguel Lerdo de Tejada, Ponciano Arriaga, Guillermo Prieto e Ignacio Comonfort, quienes encabezaron uno de los gobiernos más progresista posterior al triunfo de la Revolución de Ayutla (1855).
En aquel ambiente de liberalismo los principios de la libertad, igualdad, ciudadanía y laicidad determinaron la nueva legislación, que daría paso a importantes reformas políticas, entre ellas la Ley del 25 de junio de 1856 sobre Desamortización de Finca Rústicas y Urbanas de las Corporaciones Civiles y Eclesiásticas, también conocida como Ley Lerdo, por ser precisamente Miguel Lerdo de Tejada su principal promotor. El Ministerio de Hacienda fue el órgano encargado de llevar a cabo la mayor desamortización de bienes que se encontraban en manos de dos sectores: el clero y las comunidades indígenas.
La mayoría de la documentación que conforma el fondo documental contiene archivos de las antiguas propiedades del clero conformado por el secular y el regular que representaba para aquel período el ente que mayor cantidad de inmuebles había acumulado en su poder, que por razón legal explica José Luis Soberanes Fernández no podían ser vendidos, hipotecados o enajenados, por lo cual no entraban dentro del mercado nacional, de ahí que fueran conocidos también como bienes en manos muertas o amortizados.
La Ley Lerdo se establecía como una reforma que reactivaría estos bienes al ser vendidos al ciudadano que contara con los recursos suficientes para su explotación, sin embargo, retirar los bienes de un sector que se encontraba estrechamente vinculado con la sociedad mexicana e incluso protegido por las leyes del Estado, al ser la religión católica el único credo que podía ser profesado en México, representó un problema grave para las autoridades; pues tocar los privilegios del sector religioso fue la causa de la denominada Guerra de Reformas. Al final el Estado se impondría sobre los privilegios del clero al promulgarse la Ley del 12 de julio de 1859 sobre la Nacionalización de Bienes del Clero la cual disponía que todos los bienes que no habían sido desamortizables serían rematados directamente por el gobierno. La venta y compra de estos bienes pueden hoy en día ser consultados en el AGN.
El otro sector contemplado dentro de la Ley de Desamortización, fueron las comunidades indígenas, cuyas tierras eran administradas de manera comunal, sistema de explotación que fue visto por los liberales como una herencia de la vida virreinal y por lo tanto asociado a principios como servilismo, vasallaje y economía de autoconsumo con el cual la tierra no se explotaba totalmente. Por lo cual resultaba inamisible seguir manteniendo la tierra comunal como modelo de subsistencia de los pueblos indígenas dentro del proyecto liberal que enarbolaba los principios del individuo, la igualdad y la libertad. La Ley Lerdo consideró que esta tierra tenía que ser dividida en partes iguales entre todos los miembros de una comunidad; para que así cada uno pudiera hacer progresar su propiedad a través del trabajo individual, el capital y los conocimientos en la agricultura.
Sin embargo a pesar de que las intenciones de la desamortización era poder despertar el interés individual en cada uno de los propietarios y hacer más productivo el trabajo de la tierra, en la práctica no se pudo evitar que esta tierras repartidas terminaran en manos de unos cuantos propietarios, tal fue el caso del estado de Morelos tierra que vio nacer a Emiliano Zapata uno de los principales líderes del siglo XX que empuñó la lucha del problema agrario que tenía su origen desde el siglo XIX; ya que el liberalismo decimonónico no contempló el inconveniente real, pues tal como refiere Jesús Sotelo en Raíz y razón de Emiliano Zapata, en 1856 se vivió un año crucial para la clase campesina pues se rompió un sistema heredado de la colonia para que se instalara el liberal, pero con resultados adversos a los campesinos y benéfico para los propietarios latifundistas.
El discurso de acabar con la mentalidad del oscurantismo, el fanatismo y la incivilización para dar paso a la mentalidad del ciudadano libre, progresista y civilizado, quedó en palabras, al ser los pueblos indígenas despojados de sus tierras y pasar a ser esclavos y siervos de los grandes hacendados, que a través del trabajo libre contrataban a los campesinos para labrar la tierra por un salario insuficiente, con el cual adquirían el alimento y vestido que el mismo señor de la tierra regulaba a través del sistema de tienda de raya, el cual terminaba por endeudar al campesino libre que pasaba a ser esclavo de pagar una deuda, que en caso de no ser liquidada sería transferida a la siguiente generación del peón.