Los imponentes estruendos hicieron que los vecinos de la región salieran corriendo al templo, atemorizados y rogándole su ayuda a la divina misericordia, pensando que el final era inevitable. Dos días después, todo empezó a tornarse en serenidad. Sin embargo, el 22 de mayo se produjo una segunda erupción y el 28 de junio otra mayor, que desfiguró el camino del correo, la arboleda desapareció y el río de Tuxtla, se llenó de bancos de arena.
La algarabía se esparció por toda la región hasta llegar a la Ciudad de México, por lo cual, el virrey Juan Vicente de Güemes envió una expedición científica, al mando de José Mariano Mociño, que años antes había formado parte del ambicioso proyecto de Carlos III, por conocer de manera precisa, todo el territorio perteneciente a la Corona de España, con ayuda de la ciencia.
Al llegar, el botánico Mociño comenzó a registrar lo testimonios de los pobladores y, como el volcán se mantenía activo, emprendió su registro científico, obteniendo datos importantes del fenómeno, como las mediciones de temperatura, los efectos de la lluvia de ceniza producto de la nube volcánica y la descripción detallada del comportamiento de una erupción. El pintor Atanasio Echeverría, que formaba parte de la expedición, realizó el registro pictórico de lo observado, pieza clave de la exploración científica, al permitir que el lenguaje erudito fuera complementado con la objetividad y sensibilidad de lo observado por el artista.
Toda la información recopilada fue enviada al virrey, quien de inmediato informó al rey Carlos IV, sobre el fenómeno natural, preservando la documentación en el Archivo de la Secretaría del Virreinato, antecedente del Archivo General de la Nación (AGN).
